Nội dung

Leptospira định danh pcr

Mục đích và nguyên lý

Mục đích

Phát hiện sự có mặt đoạn gene đặc trưng của Leptospiracó trong bệnh phẩm. 

Nguyên lý

Dựa trên nguyên lý kỹ thuật PCR.          

Chuẩn bị

Người thực hiện

Người thực hiện: Nhân viên xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành Vi sinh (và/hoặc sinh học phân tử/ sinh học/công nghệ sinh học).

Người nhận định và phê duyệt kết quả: Người thực hiện có trình độ đại học hoặc sau đại học về chuyên ngành Vi sinh (và/hoặc sinh học phân tử/ sinh học/công nghệ sinh học).

Phương tiện, hóa chất (ví dụ hoặc tương đương)

Trang thiết bị

Tủ an toàn sinh học cấp 2

Máy ủ nhiệt

Máy ly tâm > 12000 gpm/phút

Máy ly tâm dùng cho tube 0,2 ml

Máy vortex

Máy chạy PCR

Các loại Micropipette đi u chỉnh được: 1000µl, 200µl, 100µl, 10µl

Máy điện di

Máy đọc ảnh gel     

Lò vi sóng

Tủ lạnh thường

Tủ âm sâu (200C) hoặc (-700C) (nếu có)

Bộ lưu điện

Dụng cụ, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm)

STT

Chi phí hóa chất, vật tư tiêu hao

Đơn vị

 

1

Dụng cụ lấy bệnh phẩm

Ống

 

 

STT

Chi phí hóa chất, vật tư tiêu hao

Đơn vị

 

2

Khay đựng bệnh phẩm

Cái

 

3

Hộp vận chuyển bệnh phẩm

Cái

 

4

Găng không có bột (DNase-RNase free)

Đôi

 

5

Ống nhựa Eppendoff 1.5ml

ống

 

6

Sinh phẩm chẩn đoán

Test

 

7

Khấu hao sinh phẩm cho mẫu chứng các loại, kiểm tra chất lượng

Test

 

8

Kit tách chiết DNA 

Test

 

9

Ống Eppendorf 1,5 ml

Tube

 

10

Ống Eppendorf 0,2 ml

Tube

 

11

Đầu côn 10 ul có lọc

Cái

 

12

Đầu côn 30 ul

Cái

 

13

Đầu côn 200 ul có lọc

Cái

 

14

Đầu côn 1 ml có lọc

Cái

 

15

Ethanol BDH

ml

 

16

Water-DEPC Treated

ml

 

17

Thạch

Gram

 

18

Ladder

ml

 

19

Blue Juice Gel loading dye

ml

 

20

Ethidium Bromide (Redgel)

ml

 

21

TAE Buffer

ml

 

22

Giấy thấm

Cuộn

 

23

Giấy xét nghiệm

Tờ

 

24

Sổ lưu kết quả xét nghiệm

Tờ

 

25

Bút viết kính

Cái

 

26

Bút bi

Cái

 

27

Cái

 

28

Khẩu trang

Cái

 

29

Găng tay

Đôi

 

30

Găng tay xử lý dụng cụ

Đôi

 

31

Quần áo

Bộ

STT

Chi phí hóa chất, vật tư tiêu hao

Đơn vị

 

32

Dung dịch xà phòng rửa tay

ml

 

33

Cồn sát trùng tay nhanh

ml

 

34

Dung dịch khử trùng

ml

 

35

Khăn lau tay

cái

 

36

Ngoại kiểm (EQAS) (nếu thực hiện)*

 

 

             

Ghi chú: 

Chi phí ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo Chương trình ngoại kiểm (EQAS) là 1/200 tổng chi phí dụng cụ, hóa chất, vật tư tiêu hao (với số lần ngoại kiểm trung bình 2 lần/1 năm).

Bệnh phẩm

Huyết thanh ho c huyết tương

Phiếu xét nghiệm

Điền đầy đủ thông tin theo mẫu phiếu yêu cầu

Các bước tiến hành

Các bước tiến hành thực hiện theo phương tiện, hóa chất được ví dụ   trên.

Lấy bệnh phẩm

Theo đúng quy định của chuyên ngành Vi sinh (Xem Phụ lục ).

Tiến hành kỹ thuật

Tách chiết DNA từ bệnh phẩm

Pha hỗn hợp phản ứng PCR

Chạy phản ứng PCR

Điện di sản phẩm PCR

Đọc kết quả

Nhận định kết quả

Phản ứng dương tính khi có sản phẩm PCR là một băng đặc hiệu duy nhất, rõ nét, không bị đứt gẫy và có kích thước tương ứng với đoạn gen đích cần khuếch đại.

Phản ứng âm tính nếu không có vạch sản phẩm PCR có kích thước tương ứng với đoạn gen đích cần khuếch đại.

Những sai sót và xử trí

Phản ứng dương tính giả: do tạp nhiễm từ môi trường

Phản ứng âm tính giả: do phản ứng PCR bị ức chế

Để hạn chế các hiện tượng trên phải tuân thủ chặt chẽ quy trình kỹ thuật.