Nguyên tắc
Sử dụng máy giải trình tự gen để xác định các đột biến gen.
Chuẩn bị
Người thực hiện
Bác sĩ giải phẫu bệnh – tế bào bệnh học.
Kỹ thuật viên giải phẫu bệnh – tế bào bệnh học.
Cử nhân sinh học (không bắt buộc).
Phương tiện, hóa chất
Phương tiện
Máy giải trình tự ABI 3130
Máy PCR
Máy điện di
Máy ly tâm lạnh
Lò vi sóng
Máy soi gel và chụp ảnh tự động
Máy cắt lát mỏng
Lưỡi dao cắt lát mỏng
Tủ ấm 370 và 560
Tủ lạnh sâu
Ống hút
Hóa chất
Các hóa chất để thực hiện PCR
Hóa chất để điện di sản phẩm
Hóa chất tinh sạch sản phẩm PCR
Hóa chất để đọc giải trình tự gen
Dung dịch đệm lysis
Dung dịch K
Dung dịch phenol
Dung dịch clorofom
Etanol
Dung dịch acetat
Dung dịch hòa tan DNA
Xylen
Dung dịch rửa
Các bước tiến hành
Các khối parafin chứa bệnh phẩm được cắt lát mỏng và dán lên phiến kính
Vùng mô ung thư được đánh dấu trên phiến kính
Cạo mô ung thư vào ống ly tâm 1,5 ml
Cho xylen vào ống ly tâm 2 lần để khử parafin
Rửa lại bằng etanol và để khô trước khi ủ với proteinase K ở 480C trong 16 giờ
Tinh sạch sản phẩm DNA
Kết tủa DNA bằng etanol tuyệt đối
Tách DNA bằng kit KAPA
Khuyếch đại exon bằng PCR Master Mix của KAPA
Chạy điện di trên thạch Agarose 1%
Tinh sạch sản phẩm PCR bằng nitrogen kit
PCR sản phẩm đã tinh sạch với BigDye kit
Tinh sạch sản phẩm BigDye bằng Zymmo kit
Giải trình tự gen bằng máy ABI 3130
Phân tích kết quả giải trình tự bằng phần mềm có sẵn.
Kết quả
Kết quả được phân tích bằng phần mềm tương thích. Kết quả được đối chiếu với trình tự nucleotid trên DNA bình thường trong hệ thống dữ liệu ngân hàng gen để xác định chính xác nucleotid đột biến.
Những sai sót và hướng xử trí
Không có đỉnh hoặc đỉnh hiển thị ở mức độ yếu:
Do không cho khuôn DNA hoặc khuôn cho vào ở dưới nồng độ cần thiết.
Không bổ sung mồi vào phản ứng khi GTT.
Mồi không tương tác hiệu quả với khuôn sử dụng: nếu GTT từ một plasmid nhân dòng:
Cần đảm bảo plasmid được tinh sạch hoàn toàn.
Cần xem lại trình tự mồi thiết kế nhằm bắt cặp đặc hiệu với khuôn.
Plasmid nhân dòng có thể bị đứt gãy hoặc đoạn nhân dòng chỉ được chèn một phần vào plasmid nên không có vị trí cho mồi bám vào.
Khuôn sử dụng cho GTT điện di thu được băng đúng kích thước quan tâm, nhưng thực chất là khuyếch đại một đoạn trình tự khác hoàn toàn với trình tự quan tâm (Ví dụ: một số gen có trình tự trùng khớp nhau một vài phần nhất định).
Xuất hiện nhiễu: do quá trình tinh sạch không loại bỏ hoàn toàn cồn hoặc sản phẩm PCR không đặc hiệu, do DNA bị thoái hóa bởi các chất ức chế nhiễm vào mẫu trong quá trình GTT như muối, phenol, EDTA…
Đoạn đầu bị nhiễu, sau đó GTT được đoạn sau nhưng tín hiệu thấp: có thể do mồi tự bắt cặp hoặc có sự tham gia của một mồi khác khi thao tác. Cần thiết kế lại mồi để loại bỏ trường hợp tự ghép cặp, đồng thời, tinh sạch sản phẩm PCR để loại bỏ hoàn toàn các chất cũng như mồi khác không cần thiết.
Nhiều đỉnh chồng lên nhau: do mồi có nhiều vị trí bắt cặp, tinh sạch kém hoặc mẫu bị lẫn các DNA khác. Cần sử dụng mồi khác, đảm bảo loại bỏ hoàn toàn mồi và dNTPs. Nếu đoạn GTT được đưa vào plasmid nhân dòng, cần đảm bảo kiểm tra được khuẩn lạc duy nhất.
Xuất hiện các đỉnh lạ sau GTT: trong mao quản có bong bóng chưa được loại bỏ hoàn toàn, mẫu bị nhiễm một thành phần nào đó, POP sử dụng trong GTT bị thoái hóa, hỏng.
