Hbv genotype pcr  

HBV genotype PCR

 

Mục đích và nguyên lý

Mục đích

Sử dụng cặp mồi đặc hiệu để xác định genotype của HBV (virus viêm gan B). 

Nguyên lý

Dựa trên nguyên lý của kỹ thuật PCR.      

Chuẩn bị

Người thực hiện

Người thực hiện: Cán bộ xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành Vi sinh.

Người nhận định và phê duyệt kết quả: Cán bộ xét nghiệm có trình độ đại học hoặc sau đại học về chuyên ngành Vi sinh.

Phương tiện, hóa chất

Phương tiện, hóa chất như ví dụ dưới đây hoặc tương đương.

Trang thiết bị

Tủ an toàn Sinh học cấp 2.

Máy PCR.

Máy điện di. 

Máy đọc điện di.

Máy ly tâm 25000 x g.

Máy ly tâm dùng cho tube 0,2 ml.

Máy ủ nhiệt.

Máy vortex.

Micropipette.

Bộ lưu điện.

Dụng cụ, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm)   

Định mức sinh phẩm và vật tư tiêu hao cho 2 mẫu/lần thực hiện (VD).

	Chi phí hóa chất, vật tư tiêu hao	Đơn vị	Số lượng
1	Bông	kg	0,001
2	Cồn	ml	1,000
3	Bơm kim tiêm	Cái	1,000
4	Panh	Cái	0,0001
5	Khay đựng bệnh phẩm	Cái	0,0001
6	Hộp vận chuyển bệnh phẩm	Test	0,001
7	Tube đựng bệnh phẩm	Cái	2,000
8	Găng không có bột	Cái	0,500
9	Sinh phẩm chẩn đoán	Test	1,000
10	Khấu hao sinh phẩm cho kiểm tra lại	Test	1,350
11	EQAS (nếu thực hiện) *		0,020
12	Kit tách chiết DNA từ virus	Test	2,350
13	DNA marker	Bộ	1,000
14	Primer 1-1 xác định genotype A	ml	0,0001
15	Primer 1-2 xác định genotype A	ml	0,0001
16	Primer 2-1 xác định genotype B	ml	0,0001
17	Primer 2-2 xác định genotype B	ml	0,0001
18	Primer 3-1 xác định genotype C	ml	0,0001
19	Primer 3-2 xác định genotype C	ml	0,0001
20	Primer 4-1 xác định genotype D	ml	0,0001
21	Primer 4-2 xác định genotype D	ml	0,0001
22	Primer 5-1 xác định genotype E	ml	0,0001
23	Primer 5-2 xác định genotype E	ml	0,0001
24	Primer 6-1 xác định genotype F	ml	0,0001
25	Primer 6-2 xác định genotype F	ml	0,0001
26	Primer 7-1 xác định genotype G	ml	0,0001
27	Primer 7-2 xác định genotype G	ml	0,0001
28	Primer 8-1 xác định genotype H	ml	0,0001
29	Primer 8-2 xác định genotype H	ml	0,0001
30	Ống Eppendorf 1,5 ml	Tube	3.000
31	Ống Eppendorf 0,2 ml	Tube	1,000
32	Đầu côn 10 µl có lọc	Cái	1,000
33	Đầu côn 30 µl	Cái	1,200
34	Đầu côn 200 µl có lọc	Cái	2,200
35	Đầu côn 1 ml có lọc	Cái	3,200
36	Ethanol BDH	ml	0,500
37	Water-DEPC Treated	ml	2,000
38	Thạch	Gam	0,075
39	Ladder	ml	0,0025
40	Blue Juice Gel loading dye	ml	0,003
41	Ethidium Bromide	ml	0,100
42	TAE Buffer	ml	0,100
43	Giấy thấm	Cuộn	0,100
44	Giấy xét nghiệm	Tờ	2,000
45	Sổ lưu kết quả xét nghiệm	Tờ	0,001
46	Bút viết kính	Cái	0,020
47	Bút bi	Cái	0,010
48	Mũ	Cái	0,020
49	Khẩu trang	Cái	0,020
50	Găng tay	Đôi	0,100
51	Găng tay xử lý dụng cụ	Đôi	0,020
52	Quần áo bảo hộ	Bộ	0,005
53	Dung dịch nước rửa tay	ml	8,000
54	Cồn sát trùng tay nhanh	ml	1,000
55	Dung dịch khử trùng	ml	10,000
56	Khăn lau tay	cái	0,010

* Ghi chú: Chi phí ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo Chương trình ngoại kiểm (EQAS) ) là 1/50 tổng chi phí dụng cụ, hóa chất, vật tư tiêu hao (với số lần ngoại kiểm trung bình 2 lần/1 năm).

Bệnh phẩm

Huyết thanh, huyết tương.

Phiếu xét nghiệm

Điền đầy đủ thông tin theo mẫu phiếu yêu cầu.

Các bước tiến hành

Các bước tiến hành thực hiện theo phương tiện, hóa chất được ví dụ ở trên.

Lấy bệnh phẩm

Theo đúng quy định của chuyên ngành Vi sinh (xem phụ lục 3). 

Từ chối những bệnh phẩm không đạt yêu cầu (xem phụ lục 6).

Tiến hành kỹ thuật

Tách chiết DNA tổng số.

Thực hiện PCR.

Điện di kiểm tra sản phẩm.

Đánh giá và kết luận.

Nhận định kết quả

Sản phẩm PCR phải có một băng đặc hiệu duy nhất, rõ nét và không bị đứt gẫy và có kích thước phù hợp tương ứng với thang DNA chuẩn.

Những sai sót và xử trí

Trong trường hợp không có sản phẩm PCR, cần phải kiểm tra lại quá trình tách chiết DNA tổng số, chất lượng primers và master mix, và thực hiện lại xét nghiệm.