HCV genotype giải trình tự gene
Mục đích và nguyên lý
Mục đích
Xác định genotype của HCV.
Nguyên lý
Dựa trên nguyên lý của kỹ thuật giải trình tự nucleotide trên gen đặc trưng của virus viêm gan C.
Chuẩn bị
Người thực hiện
Người thực hiện: Cán bộ xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành Vi sinh.
Người nhận định và phê duyệt kết quả: Cán bộ xét nghiệm có trình độ đại học hoặc sau đại học về chuyên ngành Vi sinh.
Phương tiện, hóa chất
Phương tiện, hóa chất như ví dụ dưới đây hoặc tương đương.
Trang thiết bị
Tủ an toàn Sinh học cấp 2.
Máy PCR.
Máy đọc điện di.
Máy giải trình tự gen.
Máy ly tâm 25000 x g.
Máy ly tâm dùng cho tube 0,2 ml.
Máy ủ nhiệt.
Máy vortex.
Micropipette.
Bộ lưu điện.
Dụng cụ, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm)
Định mức sinh phẩm và vật tư tiêu hao cho 3 mẫu/lần thực hiện (VD).
|
STT |
Chi phí hóa chất, vật tư tiêu hao |
Đơn vị |
Số lượng |
|
1 |
Bông |
kg |
0,001 |
|
2 |
Cồn |
ml |
1,000 |
|
3 |
Bơm kim tiêm |
Cái |
1,000 |
|
4 |
Panh |
Cái |
0,0001 |
|
5 |
Khay đựng bệnh phẩm |
Cái |
0,0001 |
|
6 |
Hộp vận chuyển bệnh phẩm |
Test |
0,001 |
|
7 |
Tube đựng bệnh phẩm |
Cái |
2,000 |
|
8 |
Găng không có bột (DNase-RNase free) |
Cái |
0,500 |
|
9 |
Sinh phẩm chẩn đoán |
Test |
1,000 |
|
10 |
Khấu hao sinh phẩm cho kiểm tra chất lượng |
Test |
1,350 |
|
11 |
EQAS (nếu thực hiện) * |
|
0,020 |
|
12 |
Kit tách chiết ARN từ virus |
Test |
2,350 |
|
13 |
DNA marker |
Bộ |
1,000 |
|
14 |
Primer 1 (primer đặc hiệu) |
ml |
0,0001 |
|
15 |
Primer 2 (primer đặc hiệu) |
ml |
0,0001 |
|
16 |
Primer 3 (primer đặc hiệu) |
ml |
0,0001 |
|
17 |
Primer 4 (primer đặc hiệu) |
ml |
0,0001 |
|
18 |
Ống Eppendorf 1,5 ml |
Tube |
3,000 |
|
19 |
Ống Eppendorf 0,2 ml |
Tube |
1,000 |
|
20 |
Đầu côn 10 µl có lọc |
Cái |
1,000 |
|
21 |
Đầu côn 30 µl |
Cái |
1,200 |
|
22 |
Đầu côn 200 µl có lọc |
Cái |
2,200 |
|
23 |
Đầu côn 1 ml có lọc |
Cái |
3,200 |
|
24 |
Ethanol BDH |
ml |
0,500 |
|
25 |
Water-DEPC Treated |
ml |
2,000 |
|
26 |
Thạch |
Gam |
0,075 |
|
27 |
Ladder |
ml |
0,0025 |
|
28 |
Blue Juice Gel loading dye |
ml |
0,003 |
|
29 |
Ethidium Bromide |
ml |
0,100 |
|
30 |
TAE Buffer |
ml |
0,100 |
|
31 |
Giấy thấm |
Cuộn |
0,100 |
|
32 |
Giấy xét nghiệm |
Tờ |
2,000 |
|
33 |
Sổ lưu kết quả xét nghiệm |
Tờ |
0,001 |
|
34 |
Bút viết kính |
Cái |
0,020 |
|
35 |
Bút bi |
Cái |
0,010 |
|
36 |
Mũ |
Cái |
0,020 |
|
37 |
Khẩu trang |
Cái |
0,020 |
|
38 |
Găng tay |
Đôi |
0,100 |
|
39 |
Găng tay xử lý dụng cụ |
Đôi |
0,020 |
|
40 |
Quần áo bảo hộ |
Bộ |
0,005 |
|
41 |
Dung dịch nước rửa tay |
ml |
8,000 |
|
42 |
Cồn sát trùng tay nhanh |
ml |
1,000 |
|
43 |
Dung dịch khử trùng |
ml |
10,000 |
|
44 |
Khăn lau tay |
cái |
0,010 |
* Ghi chú: Chi phí ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo Chương trình ngoại kiểm (EQAS) là 1/50 tổng chi phí dụng cụ, hóa chất, vật tư tiêu hao (với số lần ngoại kiểm trung bình 2 lần/1 năm).
Bệnh phẩm
Huyết thanh, huyết tương hoặc tổ chức sinh thiết.
Phiếu xét nghiệm
Điền đầy đủ thông tin theo mẫu phiếu yêu cầu.
Các bước tiến hành
Các bước tiến hành thực hiện theo phương tiện, hóa chất được ví dụ ở trên.
Lấy bệnh phẩm
Theo đúng quy định của chuyên ngành Vi sinh (xem phụ lục 3).
Từ chối những bệnh phẩm không đạt yêu cầu (xem phụ lục 6).
Tiến hành kỹ thuật
Tách chiết RNA tổng số.
Thực hiện RT-PCR.
Điện di kiểm tra sản phẩm.
Giải trình tự gen.
Kiểm tra và so sánh trình tự gen của HCV trên ngân hàng dữ liệu gen quốc tế.
Nhận định kết quả
Sản phẩm PCR phải có một băng đặc hiệu duy nhất, rõ nét và không bị đứt gẫy. Trình tự DNA của gen đích không bị nhiễu và phải có độ tương đồng ≥ 90% mới có thể kết luận được genotype của HCV.
Những sai sót và xử trí
Trong trường hợp không có sản phẩm PCR, cần phải kiểm tra lại quá trình tách chiết RNA tổng số, chất lượng primers và master mix, và thực hiện lại xét nghiệm.
Nếu trình tự DNA bị nhiễu cần phải kiểm tra lại độ đặc hiệu của sản phẩm PCR hoặc quá trình chạy PCR sequencing bị nhiễm chéo.
