Nội dung

Rotavirus pcr

Mục đích và nguyên lý

Mục đích

Phát hiện sự có mặt bộ gen của Rotavirus có trong phân của người .

Nguyên lý

Dựa trên nguyên lý kỹ thuật PCR.          

Chuẩn bị

Người thực hiện

Người thực hiện: Nhân viên xét nghiệm đã được đào tạo và có chứng chỉ hoặc chứng nhận về chuyên ngành Vi sinh (và/hoặc sinh học phân tử/ sinh học/công nghệ sinh học).

Người nhận định và phê duyệt kết quả: Người thực hiện có trình độ đại học hoặc sau đại học về chuyên ngành Vi sinh (và/hoặc sinh học phân tử/ sinh học/công nghệ sinh học).

Phương tiện, hóa chất (ví dụ hoặc tương đương)

Trang thiết bị

Tủ an toàn sinh học tối thiểu cấp 2

Máy ủ nhiệt

Máy ly tâm > 12000 gpm/phút

Máy ly tâm dùng cho tube 0,2 ml

Máy vortex

Máy chạy PCR

Các loại Micropipette điều chỉnh được: 1000µl, 200µl, 100µl, 10µl

Máy điện di

Máy đọc ảnh gel

Lò vi sóng

Tủ lạnh thường

Tủ âm sâu (200C) hoặc (-700C) (nếu có)

Bộ lưu điện

Dụng cụ, hóa chất và vật tư tiêu hao (bao gồm nội kiểm, ngoại kiểm)

STT

Chi phí hóa chất, vật tư tiêu hao

Đơn vị

 

1

Giấy xét nghiệm

Tờ

 

 

STT

Chi phí hóa chất, vật tư tiêu hao

Đơn vị

 

2

Dụng cụ lấy bệnh phẩm

Que

 

3

Lọ nhựa đựng bệnh phẩm

Cái

 

4

Găng không có bột (DNase-RNase free)

Đôi

 

5

Khay đựng bệnh phẩm

Cái

 

6

Hộp vận chuyển bệnh phẩm

Cái

 

7

Sinh phẩm chẩn đoán

 

 

8

Khấu hao sinh phẩm cho chạy chứng và kiểm tra chất lượng

Test

 

9

Hóa chất và VTTH cho tách chiết trên máy MPLC

Test

 

10

Ống nhựa Eppendorf 1.7 ml

ống

 

11

PBS Buffer

mL

 

12

Absolute Ethanol

mL

 

13

UltraPure DNase/RNase Distilled Water

mL

 

14

Ultrapure Agarose

Gram

 

15

Ultrapure TBE Buffer 10X

mL

 

16

100bp DNA ladder (Đóng gói 50 ug)

l

 

17

10X BlueJuice Gel Loading dye

Đóng gói 3x1ml

l

 

18

Utrapure 10mg/ml Ethidium Bromide

l

 

19

ống PCR 0,2 ml, nắp phẳng

Cái

 

20

Đầu côn 1000 µl có lọc

Cái

 

21

Đầu côn 200 µl có lọc

Cái

 

22

Đầu côn  0,2-10 µl có lọc

Cái

 

23

Giấy thấm không bụi

Cuộn

 

24

Giấy xét nghiệm

Tờ

 

25

Sổ lưu kết quả xét nghiệm

Tờ

 

26

Bút viết kính

Cái

 

27

Bút bi

Cái

 

28

Cái

 

29

Khẩu trang

Cái

 

30

Găng tay

Đôi

STT

Chi phí hóa chất, vật tư tiêu hao

Đơn vị

 

31

Găng tay xử lý dụng cụ

Đôi

 

32

Quần áo bảo hộ

Bộ

 

33

Dung dịch xà phòng rửa tay

ml

 

34

Cồn sát trùng tay nhanh

ml

 

35

Dung dịch khử trùng

ml

 

36

Khăn lau tay

Cái

 

37

EQAS (nếu thực hiện)*

 

 

             

Ghi chú: 

Chi phí ngoại kiểm cho quy trình kỹ thuật được tính cụ thể theo Chương trình ngoại kiểm (EQAS) là 1/50 tổng chi phí dụng cụ, hóa chất, vật tư tiêu hao (với số lần ngoại kiểm trung bình 2 lần/1 năm).

Bệnh phẩm

Phân.

Phiếu xét nghiệm

Điền đầy đủ thông tin theo mẫu phiếu yêu cầu

Các bước tiến hành

Các bước tiến hành thực hiện theo phương tiện, hóa chất được ví dụ ở trên.

Lấy bệnh phẩm

Theo đúng quy định của chuyên ngành Vi sinh (Xem Phụ lục).

Tiến hành kỹ thuật

Tách chiết DNA từ bệnh phẩm

Pha hỗn hợp phản ứng PCR

Chạy phản ứng PCR

Điện di sản phẩm PCR

Đọc kết quả

Nhận định kết quả

Phản ứng dương tính khi có sản phẩm PCR là một băng đặc hiệu duy nhất, rõ nét, không bị đứt gẫy và có kích thước tương ứng với đoạn gen đích cần khuếch đại.

Phản ứng âm tính nếu không có vạch sản phẩm PCR có kích thước tương ứng với đoạn gen đích cần khuếch đại.

Những sai sót và xử trí

Phản ứng dương tính giả: do tạp nhiễm từ môi trường

Phản ứng âm tính giả: do phản ứng PCR bị ức chế

Để hạn chế các hiện tượng trên phải tuân thủ chặt chẽ quy trình kỹ thuật.